Les fouilles réalisées par l'Inrap, en 2002-2003, à Bordeaux sur les quais de Garonne ont permis de démontrer que le port antique n'était pas cantonné dans l'embouchure de la Devèze. Outre les aménagements de berge et les restes d'un probable ponton, ces opérations ont donné lieu à un important travail sur les axes commerciaux qui transparaissent à travers le mobilier céramique et le verre.
C'est autour du changement d'ère qu'apparaît un premier renforcement de la berge à l'aide de pieux. La quasi-totalité a été retrouvée pliée ou cassée en deux, suite à un effondrement de la rive. Aucun dépotoir n'est associé à ce tout premier aménagement, probablement du fait de ce même phénomène d'effondrement, qui pourrait être dû à une crue importante ou à des tassements sédimentaires (?), qui intervient vers 80 ap. J.-C. Les aménagements effondrés sont totalement reconstruits à la fin du Ier s. (entre 85 et 113 ap. J.-C., datations fournies par les études dendrochronologiques et confirmées par la céramologie). Ce nouvel aménagement, conservé sur un mètre de haut au maximum, se compose en façade d'un alignement de pieux en chêne contre lequel vient se caler horizontalement du côté de la berge, un empilement de madriers et de planches en réemploi.

Très vite, un important dépôt, composé de passées d'argile de Garonne et de sable, se forme aux pieds des aménagements et tapisse peu à peu le fond du fleuve. Il comporte un grand nombre de déchets domestiques : céramiques communes, céramiques fines, sigillées, faune et malacofaune, etc. Le mobilier céramique et faunique, retrouvé pour l'essentiel dans les dépôts qui se forment aux pieds des aménagements de berge, témoigne bien plus de l'utilisation du fleuve comme décharge, que de l'existence d'une zone portuaire privilégiée. La céramique commune, comme la céramique fine, appartient au vaisselier traditionnel. Le numéraire montre une fois de plus l'importance des deux axes commerciaux majeurs que sont la voie d'Agrippa (qui vient de Lyon en passant par Clermont-Ferrand, Limoges et Saintes) et la Garonne qui relie Burdigala à la Narbonnaise, dès la fin du 1er s. av. J.-C.

Pour le Bas-Empire, les réparations les plus récentes, interviennent à la fin du IIIe s. et au début du IVe s. Les monnaies les plus récentes retrouvées dans les remblais de terrassement des niveaux de dépotoir ont été frappées entre 341 et 348. La construction du castrum, fixée dans les années 280-290, ne semble donc pas avoir entraîner l'abandon des berges de Garonne. La construction de nouveaux aménagements au milieu du IVe s., alors que Burdigala est devenue le chef-lieu du diocèse d'Aquitaine, semble indiquer même tout le contraire. Cette situation, contraire à ce qui semble être observé sur le reste de la ville, trouve son explication dans le chenal d'accès au port intérieur.